要完成被淹没的档案室任务，你需要从地热山谷西北方向的山脊重新进入该区域，核心目标是使用场景中的希腊火罐炸毁水中雕像的三个木质支座，使雕像倒塌形成通路。在拿到亚特兰蒂斯地图的观测站右侧，利用滑索垂直下降并炸开挡路的木门，即可返回档案室区域。进入大厅后，你会面临重甲敌人的攻击，利用场景中的希腊火罐可以有效地解决他们。第一处支座就在大厅附近，旁边通常有两个希腊火罐，直接开枪引爆即可炸毁第一个基座。完成后，游泳到水池对岸，沿着水道前进会发现一个闸门，用弓箭拉开它可以放出漂浮的希腊火罐。第一个放出的罐子用于炸开河道中的障碍物。换到河道左岸放出第二个罐子，当它漂过第一处障碍后，迅速使用套索箭将其与岸边的木桩连接，改变其漂流方向，然后割断绳子，让罐子沿着缝隙漂向第二个支座并将其引爆。
最后一处支座需要操作一个天平机关。先射击机关一端的摇臂将其拉近，然后打开闸门放出一个火罐，并用套索箭将罐子绑在摇臂上，这时天平会因一端负重而倾斜。用同样的方法将天平另一侧的摇臂也拉过来并绑上第二个火罐，使天平恢复平衡。走到水池对面再次转动天平，绑着火罐的摇臂会转向对岸，割断绳索让罐子掉落，再将其从墙壁缺口踢下去，罐子会顺流漂向第三个支座，引爆后雕像便会倒塌，形成前进的桥梁。
你会经过一段很长的水道，并在那里从一具敌人尸体上获得无限潜水呼吸器，此后便可以无限制地潜水。雕像倒塌后，不死军团会出现，你需要进行一段快节奏的跑酷逃离档案室，途中注意躲避火焰箭和爆炸油桶。成功逃出后，记得前往观测站与同伴雅各汇合，沿途可以解锁地热山谷的完整地图。
如果你在完成任务后希望返回该区域收集物品，需要注意路线可能发生变化。部分收集品，如某些壁画、遗物或保险箱，位于主线逃出路线旁的岔道上。如果发现通过雕像后的常规路线无法返回，你可以尝试从地热山谷的方向重新进入档案室区域。一些位于二层平台的收集品，可能需要你在主线后期获得特定装备（如攀爬箭矢）后才能折返获取。该区域存在一些挑战项目，例如生人勿近要求你不被特定位置的希腊火罐伤到，而水中杀手则需你在水下击杀敌人。对于前者，在最终逃跑阶段经过那个会自动点燃的罐子时，需要非常快速地跑过。对于后者，则需在获取呼吸器前的那段潜泳中，抓住有限的换气机会完成水下击杀。完成所有探索后，你便能达成该区域的百分百收集。
