开启秘密纸条收集需要完成冬日谜团任务。该任务在冬季的早晨6点至下午4点之间，当玩家从农场步行至巴士站时自动触发。玩家会看到一段暗影人受惊逃跑的剧情，随后日志中会增加对应任务。跟随脚印来到社区中心左侧游乐场旁的灌木丛进行调查，暗影人会现身并赠予一个放大镜。获得放大镜后，玩家才能够在后续的各种活动中发现秘密纸条。需骑马时无法触发该初始剧情。
秘密纸条主要通过游戏中的多种活动概率性获取。具体的获取途径及概率包括：钓鱼时有8%的概率用秘密纸条替换垃圾；用锄头挖掘远古斑点（蚯蚓）有11%的概率；用镐子开采石头或矿石有0.75%的概率；清除硬木树桩、大圆木或大石头等资源团块有5%的概率；击杀怪物也有一定几率掉落。用斧头收获巨大作物（花椰菜、甜瓜或南瓜）时必定获得一张秘密纸条。游戏中共有25张秘密纸条，每一种只会获得一次，已阅读的纸条可以在菜单中随时查看。
秘密纸条的内容主要分为信息提示和解谜任务两大类。纸条1至12大多是揭示村民喜好或背景信息，仅作了解无需操作。从纸条13开始，多数需要玩家执行具体任务。纸条13提示在每个季节最后一天（28日）中午12点整检查游乐场上方的灌木丛，可获得祝尼魔毛绒玩偶。纸条14则指明在社区中心背面，靠右侧木栅栏的隐蔽位置用镐子敲击，能获得一个石祝尼魔雕像作为装饰品。这些任务通常直接了当，按照提示操作即可。
部分秘密纸条设计了有趣的寻宝谜题，需要玩家按图索骥。纸条19描绘了一幅带有箭头的柳巷1号（乔迪家）图画，玩家需从门口绿色方块处出发，按照箭头方向行走，遇到障碍便转向下一个箭头方向，最终路线会引导至镇长刘易斯家后方，找到其黄金雕像。纸条20是类似的箭头寻宝，从镇中心广场出发，最终到达乔家超市右边的货车，与司机对话并用一个兔子的脚可以交换到特殊的魅力，该物品能永久增加角色的每日运气值。
一些高级秘密纸条任务与游戏后期内容紧密相关，要求玩家达成特定前提条件。最具代表性的是纸条10，它要求玩家到达沙漠矿洞（骷髅洞穴）的第100层。但在此之前，玩家必须首先下到普通矿井第120层获得头骨钥匙以解锁骷髅洞穴，并完成齐先生的挑战任务到达该洞穴25层。最终在100层见到齐先生并喝下铱金蛇奶后，可永久提升25点生命值上限。另一张纸条23要求玩家在晚上6点至7点间，携带一份枫糖浆进入被硬木树桩阻挡的秘密森林，触发与熊的剧情后可以获得熊的知识，使黑莓和鲑鱼莓的售价变为三倍。
