宝箱是获取稀有资源的重要途径，主要分布在遗迹、雪山、深海及特殊地形区域。黑曜石宝箱通常出现在琉光列岛、通天岛、彩金山脉等地，每处遗迹顶端或隐蔽角落可能藏有未被骷髅守护的宝箱，而罕见宝箱则多分布于南极星灯塔、北极星灯塔等深海区域，可开出远古宝石等珍贵物品。
雪山区域的高级金宝箱通常位于孤影雪山和郁金香平原的石子圈附近，需注意严寒天气对探索的影响。北境海域的瓦雷亚宝箱刷新于石堆遗址，由北境骷髅群守护，需准备防寒装备并使用炸弹快速开启。落叶山脉河对面的遗迹顶端、幽灵山脉及永夜丘陵等地也存在黑曜石宝箱，但部分需攀爬或绕行障碍才能发现。
深海区域的宝箱如符文宝箱和远古宝箱，多集中于南极星灯塔右上方向、北极星灯塔右下及左下方向。这些宝箱通常需要特定道具或解谜开启，且因深海环境限制，建议配备水下坐骑或抗压装备。远洋岛和通天岛虽产出黑曜石宝箱，但前者爆率较低，后者因资源丰富易引发争夺，需谨慎行动。
散落于各处的普通宝箱则隐藏于房屋夹角、铸造台下方或海底等不易察觉的位置。晨雾森林的低级金宝箱可提供冰附魔石，而面包岛的两个高级金宝箱则能一次性产出大量火附魔石，但需清理周边怪物以确保安全开启。宝箱刷新时间普遍为3至4小时，部分稀有宝箱如黑曜石宝箱可能延长至12小时。探索时建议携带防寒、抗压装备及炸弹工具，并优先选择人少时段蹲守刷新点。
