通关一周目后，咱们在家门口就能开启二周目剧情啦。这时候大木博士会主动来找你，如果图鉴已经收集了60种以上的宝可梦，他会帮你升级成全国图鉴模式。记得先去研究所找他升级哦，不然会影响后续剧情发展。升级完图鉴后再去挑战四天王会发现冰系天王科拿出门旅游了，这时候就可以坐船前往七岛开始新冒险。
从枯叶市坐船来到一岛，在精灵中心会遇到之前修机器的工作人员，得知需要红宝石才能修复设备。这时候咱们得去灯火山找宝石，沿着山路往右走会遇到两个火箭队残党，打败他们后进入山洞最深处就能找到红宝石。把红宝石交给工作人员后，他会告诉你还需要另一块蓝宝石，同时给你彩虹通行证，这样就能自由往返各个岛屿啦。
拿到通行证后咱们要继续探索其他岛屿，在四岛会遇到劲敌小茂但不会对战。科拿的家就从右边冲浪进入冰洞，里面有个大瀑布暂时上不去。需要踩碎小冰块找到HM07攀瀑技能，这样才能继续前进。在洞穴深处会发现科拿正在和火箭队战斗，帮她解决敌人后会得知火箭队在五岛有个秘密仓库。
接下来要去五岛右边的空地，打败几个火箭队小兵后会发现他们的仓库，但没有密码进不去。这时候得先去六岛，在标记森林深处按顺序掉进洞里能找到蓝宝石，不过刚拿到就会被抢走。带着抢蓝宝石的人留下的密码回到五岛仓库，在右上角打败火箭队干部就能拿回蓝宝石。最后回到一岛完成设备修复，这样就能和其他版本联机交换宝可梦啦。
七岛上方有训练师塔可以挑战强力对手，山谷中间洞穴里用怪力推石头能让遗迹出现未知图腾。如果之前没抓三神鸟的话现在可以去补抓，闪电鸟在无人发电厂，急冻鸟在双子岛，火焰鸟在灯火山顶层。最后的超梦在华蓝洞穴最深处，记得带会碎岩技能的宝可梦开路哦。
