搭档任务秘密调查组的玩法内容主要分为三种模式，第一种是以动态漫画风格来为玩家讲述剧情。第二种则是在地图中进行探索，并寻找有用的线索。第三种则是以第三人称视角的方式，在3d场景中控制角色进行冒险。该游戏就动态漫画的质量那叫一个优秀，如果经常看动漫的玩家更是会有一种追新番的感觉。
配合大量的阴影、粗细线条以及章节前的黑白封面等等日漫的视觉元素穿插其中，再与底部角色对话框融合在一起，随着角色的情绪或者语气所匹配，并做出对应的变化。可以说每一章每一页都仿佛散发着艺术品般的气息，甚至让玩家会有一种阅读漫画的体验。
但是画面再怎么出色，本作依然是一款推理类型的游戏，所以在游戏中玩家不仅要在沉浸式的叙事动态漫画中了解剧情，还要尽可能将一些关键事件铭记于心，以便配合之后的调查环节。
而在调查过程中，玩家所要做的就是在规定的回合中，活用成员们的个人特征，比如性格、专长、喜好、人际关系等等，以设法找出关键的线索。不同的情报必须通过不同的成员在不同的npc口中问出，而一旦玩家所使用的回合数超出限制的回合数时，就会定量扣除画面右上角的英雄值，进而影响章节评价。
所以如何在规定的回合数中找寻更多线索，也是为了接下来的推理做准备。尽管这款游戏的本质是文字冒险类游戏，但它仍扩展了即时行动的可能。在本作炉火纯青的漫画叙事衬托下，对应即时行动部分的潜入和qte系统就显得没有那么完美了。
因为玩家一旦搜查成功之后，就会在一小段剧情后自动开启潜入模式。在开始时，玩家依旧需要选择所要操作的成员，不过如何选择对后续的过程和结果是不会产生影响的。
这也就意味着成员的不同，仅仅存在角色对话上有所区别。而潜入过程中所遇到的谜题和机关的破解方法，也是按照玩家搜索到的线索一一操作的。可以说这种实时操作的玩法说的直白点就是控制角色移动，然后触发特定剧情之后直接qte。毫不夸张的说，本作就剧情来说绝对足以用优秀来形容，这对一款avg作品而言，足以证明了它的成功。
